即使海水淡化不能威胁南水北调的地位，它自身还存在很多问题。南水北调中线工程曾计划2008年奥运会之前即向北京供水，但由于该项工程涉及移民、成本等因素，最终决策层不得不将其推迟到2014年底。在很多人心里都有这样的疑问，南水北调会不会再次推迟通水?

　　“从工期上看没问题，原来规划是2002年开工、2010年供水，8年的工期是科学合理的。后来有一段时间中央财政紧张，南水北调的资金不是停了就是少了，开工面就没那么多。现在扩大内需，国家又投进去很多钱，南水北调就不差钱了。”许新宜告诉记者，现在工期抓得很紧，自己不担心工期，就担心质量，因为1200公里这么长的工程一个地方出现问题就影响到全线。

　　“现在质量比工期更重要，我希望2014年能够通水。如果在保证质量的情况下，2014年通不了水这个可以理解。”许新宜说，“差一两年没问题，差的是长治久安。”

　　在南水北调中线主干工程赶工期的同时，沿线河南、河北的配套设施建设和资金却进度缓慢。水利部海河水利委员会防汛技术顾问、河北省防汛抗旱办专家魏智敏告诉记者，南水北调在河北输水的配套工程只开工了一小部分，现在集中力量突击主干，2014年几条主干都能完成，但配套工程完不了。

　　有专家认为，由于北京在南水北调线路的末端，即使沿线工程都按期合格完工，还将面临许多不可控因素。缺水的河南、河北各地要是在中途多截留一些水，北京也没有办法，况且河北长期向北京调水，还有密云、官厅水库的指标等被北京无偿拿走的历史欠账尚未解决。

　　即使不考虑沿线，单就水源地来说，如果再次出现去年的长江中下游大旱，到时候北京还从汉江调水，下游怎么办?

　　北京水环境研究专家王建认为，一个三峡大坝已经带来很多复杂的矛盾问题了，而且从生态上讲，把远距离调水作为发展的支撑是不合理的，这就像一个病入膏肓的病人躺在医院里靠输血来维持生命。调水也只是把华北缺水的矛盾扩大到长江流域，扩大到半个中国。